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Convertir CRAM a otro tipo de archivo
Para convertir archivos de datos CRAM a otro formato, necesita SAMtools o otro software Datos.
Convertir un archivo a CRAM
Para convertir otros formatos de archivo al tipo de archivo "Alineamiento de secuencias bioinformáticas", necesita SAMtools o software similar.
Acerca de los archivos CRAM
El formato de archivo .CRAM es un formato de alineamiento genómico basado en referencias y altamente comprimido, muy utilizado en bioinformática. Desarrollado por el European Bioinformatics Institute y la Global Alliance for Genomics and Health, almacena datos de secuenciación de ADN de manera mucho más eficiente que los formatos heredados. Puedes manipular estos archivos utilizando conjuntos de herramientas de línea de comandos como SAMtools. En un contexto secundario y no relacionado, un archivo .CRAM también puede funcionar como una imagen de sistema de archivos ROM comprimida (cramfs) utilizada en entornos Linux integrados.
Aunque .CRAM ofrece una compresión excelente (ahorrando hasta un 50% de espacio de almacenamiento), presenta grandes obstáculos de usabilidad. Depende completamente de un genoma de referencia externo. Si la secuencia de referencia exacta (generalmente un archivo FASTA) utilizada durante el alineamiento inicial falta, se mueve o se desconecta de Internet, el archivo .CRAM no se puede decodificar ni leer. Además, la sobrecarga computacional requerida para descomprimir los datos sobre la marcha hace que sea más lento de procesar, y muchos flujos de trabajo bioinformáticos más antiguos carecen por completo de soporte nativo para él.
Para garantizar una compatibilidad total con flujos de trabajo heredados o para simplificar el intercambio de datos, debes convertir estos archivos. Conviértelos a BAM para obtener un mapa de alineamiento binario independiente y ampliamente compatible que no dependa de referencias externas. Para una inspección de texto directa y legible por humanos, conviértelos a SAM. Si solo necesitas las lecturas de secuenciación sin procesar, extrae los datos a FASTQ. Simplemente arrastra y suelta tu archivo aquí para analizarlo y convertirlo: gratis, en línea y sin instalar software complejo de línea de comandos.
Convert.Guru analiza su archivo CRAM, detecta el formato exacto y le permite leer el texto que contiene.
Si desea convertir un archivo CRAM a BAM, VCF, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI, CFG, CONF o DAT, puede utilizar SAMtools o un software similar de la categoría "Almacenamiento de datos de alineamiento genómico". En el menú Archivo, busque Guardar como… o Exportar….
Para convertir archivos DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS o JSON a CRAM, pruebe SAMtools u otra herramienta comparable de la categoría "Almacenamiento de datos de alineamiento genómico".
Acerca del convertidor CRAM
Convert.Guru se basa en una de las bases de datos de formatos de archivo más grandes y reconocidas, que se mantiene desde hace más de 25 años. Nuestro reconocimiento de formato identifica CRAM de forma fiable — incluso si los archivos tienen un nombre incorrecto o están dañados — y los convierte a formatos comunes. El convertidor CRAM funciona directamente en el navegador, sin registro ni instalación. Los archivos subidos se eliminan automáticamente después de la conversión.