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Convertir CRAM en un autre type de fichier
Pour convertir des fichiers de données CRAM en un autre format, vous avez besoin de SAMtools ou d'un autre logiciel Données.
Convertir un fichier en CRAM
Pour convertir d'autres formats de fichiers au type de fichier "Alignement de séquences bio-informatiques", vous avez besoin de SAMtools ou de logiciel similaire.
À propos des fichiers CRAM
Le format de fichier .CRAM est un format d'alignement génomique basé sur une référence, hautement compressé et très utilisé en bio-informatique. Développé par le European Bioinformatics Institute et la Global Alliance for Genomics and Health, il stocke les données de séquençage d'ADN de manière beaucoup plus efficace que les anciens formats. Tu peux manipuler ces fichiers à l'aide de suites en ligne de commande comme SAMtools. Dans un contexte secondaire et sans rapport, un fichier .CRAM peut également fonctionner comme une image de système de fichiers ROM compressée (cramfs) utilisée dans les environnements Linux embarqués.
Bien que le .CRAM offre une excellente compression (permettant d'économiser jusqu'à 50 % d'espace de stockage), il présente des obstacles majeurs en matière d'utilisation. Il est totalement dépendant d'un génome de référence externe. Si la séquence de référence exacte (généralement un fichier FASTA) utilisée lors de l'alignement initial est manquante, déplacée ou déconnectée d'Internet, le fichier .CRAM ne peut pas être décodé ou lu. De plus, la charge de calcul nécessaire pour décompresser les données à la volée ralentit son traitement, et de nombreux anciens pipelines bio-informatiques manquent totalement de support natif pour ce format.
Pour garantir une compatibilité totale avec les anciens pipelines ou pour simplifier le partage de données, tu dois convertir ces fichiers. Convertis-les en BAM pour obtenir une carte d'alignement binaire autonome, largement prise en charge et qui ne dépend pas de références externes. Pour une inspection directe du texte lisible par l'homme, convertis-les en SAM. Si tu n'as besoin que des lectures de séquençage brutes, extrais les données en FASTQ. Glisse et dépose simplement ton fichier ici pour l'analyser et le convertir - gratuitement, en ligne, et sans installer de logiciels complexes en ligne de commande.
Convert.Guru analyse votre fichier CRAM, détecte le format exact et vous permet de lire le texte qu’il contient.
Les utilisateurs ont également converti des fichiers CRAI, TBI, AVI, PDF, BAM, ZLIB, LAZ et VCF.
FAQ
Si vous souhaitez convertir un fichier CRAM en BAM, VCF, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI, CFG, CONF ou DAT, vous pouvez utiliser SAMtools ou un logiciel similaire de la catégorie « Stockage de données d'alignement génomique ». Dans le menu Fichier, recherchez Enregistrer sous… ou Exporter….
Pour convertir des fichiers DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS ou JSON en CRAM, essayez SAMtools ou un autre outil comparable dans la catégorie « Stockage de données d'alignement génomique ».
Le convertisseur CRAM
Convert.Guru s’appuie sur l’une des bases de données de formats de fichiers les plus vastes et les plus réputées, entretenue depuis plus de 25 ans. Notre détection de format identifie CRAM de manière fiable — même lorsque les fichiers sont mal nommés ou endommagés — et les convertit vers des formats courants. Directement dans le navigateur, sans inscription ni installation. Les fichiers téléversés sont automatiquement supprimés après la conversion. Le convertisseur CRAM est développé en Europe.