Text aus Genom- oder Image-Dateien (CRAM) auslesen
Um CRAM Datendateien in ein anderes Format umzuwandeln, benötigen Sie SAMtools oder eine andere Daten-Software.
Um andere Dateiformate in den Dateityp "Bioinformatik-Sequenz-Alignment" umzuwandeln, benötigen Sie SAMtools oder ein ähnliches Tool.
Das .CRAM-Dateiformat ist ein stark komprimiertes, referenzbasiertes genomisches Alignment-Format, das in der Bioinformatik häufig verwendet wird. Es wurde vom European Bioinformatics Institute und der Global Alliance for Genomics and Health entwickelt und speichert DNA-Sequenzierungsdaten weitaus effizienter als ältere Formate. Du kannst diese Dateien mit Kommandozeilen-Tools wie SAMtools bearbeiten. In einem zweiten, unabhängigen Kontext kann eine .CRAM-Datei auch als komprimiertes ROM-Dateisystem-Image (cramfs) fungieren, das in eingebetteten Linux-Umgebungen verwendet wird.
Obwohl .CRAM eine hervorragende Komprimierung bietet (bis zu 50 % Speicherplatzersparnis), bringt es große Hürden bei der Benutzerfreundlichkeit mit sich. Es ist vollständig von einem externen Referenzgenom abhängig. Wenn die genaue Referenzsequenz (normalerweise eine FASTA-Datei), die beim anfänglichen Alignment verwendet wurde, fehlt, verschoben wurde oder keine Internetverbindung besteht, kann die .CRAM-Datei nicht decodiert oder gelesen werden. Darüber hinaus macht der Rechenaufwand, der erforderlich ist, um die Daten on-the-fly zu dekomprimieren, die Verarbeitung langsamer, und vielen älteren Bioinformatik-Pipelines fehlt die native Unterstützung dafür völlig.
Um die volle Kompatibilität mit älteren Pipelines sicherzustellen oder den Datenaustausch zu vereinfachen, musst du diese Dateien konvertieren. Konvertiere in BAM für eine eigenständige, weithin unterstützte binäre Alignment-Map, die nicht auf externe Referenzen angewiesen ist. Für eine direkte, für Menschen lesbare Textprüfung konvertiere in SAM. Wenn du nur die rohen Sequenzierungs-Reads benötigst, extrahiere die Daten nach FASTQ. Ziehe deine Datei einfach per Drag-and-Drop hierher, um sie zu analysieren und zu konvertieren – kostenlos, online und ohne die Installation komplexer Kommandozeilen-Software.
Convert.Guru analysiert Ihre CRAM-Datei, erkennt das genaue Format und ermöglicht es Ihnen, den enthaltenen Text auszulesen.
Nutzer konvertierten auch CRAI, TBI, AVI, PDF, BAM, ZLIB, LAZ und VCF-Dateien.
Wenn Sie eine CRAM-Datei in BAM, VCF, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI, CFG, CONF oder DAT umwandeln möchten, können Sie SAMtools oder eine ähnliche Software aus der Kategorie „Speicherung genomischer Alignment-Daten“ verwenden. Suchen Sie im Menü „Datei“ nach Speichern unter… oder Exportieren….
Um DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS oder JSON-Dateien in CRAM umzuwandeln, versuchen Sie es mit SAMtools oder einem vergleichbaren Tool aus der Kategorie „Speicherung genomischer Alignment-Daten“.
Convert.Guru basiert auf einer der größten und renommiertesten Dateiformat-Datenbanken, die seit über 25 Jahren gepflegt wird. Unsere Formaterkennung identifiziert CRAM zuverlässig – auch bei falsch benannten oder beschädigten Dateien – und wandelt sie in gängige Formate um. Direkt im Browser, ohne Registrierung oder Installation. Hochgeladene Dateien werden nach der Konvertierung automatisch gelöscht. Entwickelt wird der CRAM Konverter in Deutschland.