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Convertir BAM a otro tipo de archivo
Para convertir Mapas de alineación BAM a otro formato, necesita SAMtools o otro software Datos.
Convertir un archivo a BAM
Para convertir otros formatos de archivo al tipo de archivo "Archivo de datos genómicos", necesita SAMtools o software similar.
Acerca de los archivos BAM
El formato de archivo .BAM significa principalmente Binary Alignment Map. Es la versión binaria y comprimida de un archivo SAM (Sequence Alignment Map), muy utilizado en bioinformática para almacenar alineamientos de secuencias de ADN frente a un genoma de referencia. Debido a que estos archivos utilizan la compresión BGZF (Blocked GNU Zip Format), pueden manejar los conjuntos de datos masivos generados por la secuenciación de ADN de próxima generación. Un uso secundario de los archivos .BAM es como formato de modelo 3D binario compilado para el motor de juegos Panda3D.
Para abrir o manipular archivos genómicos .BAM, los investigadores suelen depender de utilidades de línea de comandos especializadas como SAMtools o Picard. Puedes leer más sobre sus especificaciones en la página de Wikipedia del formato SAM. Para los archivos de Panda3D, los desarrolladores utilizan las herramientas del SDK de Panda3D.
La principal desventaja de un archivo .BAM es su absoluta opacidad para el software de escritorio estándar. No puedes abrirlo en un editor de texto ni en un visor de datos genérico. Los archivos genómicos superan con frecuencia los 50 GB a 100 GB, lo que requiere recursos computacionales masivos simplemente para indexarlos o leerlos. Además, los archivos .BAM de Panda3D están fuertemente optimizados para el motor y estrictamente vinculados a la versión de software específica utilizada para compilarlos.
Convertir un archivo genómico .BAM a un archivo SAM hace que los datos sean legibles para los humanos, aunque infla drásticamente el tamaño del archivo. Se recomienda encarecidamente mover los datos al formato CRAM, ya que proporciona una compresión basada en referencias aún mejor que .BAM. Para los modelos de Panda3D, los desarrolladores generalmente necesitan descompilar el .BAM de vuelta al formato de origen EGG antes de convertirlo a OBJ o GLTF.
Debido a que los archivos .BAM son contenedores bioinformáticos altamente especializados o activos compilados específicos de un motor, los convertidores en línea estándar no logran procesarlos. Son difíciles de analizar sin los pipelines de software originales. Sin embargo, solo tienes que arrastrar y soltar tu archivo para identificar el formato, verlo y convertirlo cuando sea posible en convert.guru. Si nuestro análisis detecta encabezados de texto estándar o un formato subyacente compatible, es posible que aún se pueda ver o convertir.
Convert.Guru analiza su archivo BAM, detecta el formato exacto y le permite leer el texto que contiene.
Si desea convertir un archivo BAM a CRAM, FASTA, BED, VCF, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI o CFG, puede utilizar SAMtools o un software similar de la categoría "Almacenamiento de datos de secuencias genómicas". En el menú Archivo, busque Guardar como… o Exportar….
Para convertir archivos DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS o JSON a BAM, pruebe SAMtools u otra herramienta comparable de la categoría "Almacenamiento de datos de secuencias genómicas".
Acerca del convertidor BAM
Convert.Guru se basa en una de las bases de datos de formatos de archivo más grandes y reconocidas, que se mantiene desde hace más de 25 años. Nuestro reconocimiento de formato identifica BAM de forma fiable — incluso si los archivos tienen un nombre incorrecto o están dañados — y los convierte a formatos comunes. El convertidor BAM funciona directamente en el navegador, sin registro ni instalación. Los archivos subidos se eliminan automáticamente después de la conversión.