CRAMコンバーターについて
Convert.Guru は、25年以上にわたり維持・更新されてきた、世界最大級かつ信頼性の高いファイル形式データベースの一つを基盤としています。 当社の形式判定機能は、CRAM を高い精度で識別します。ファイル名が誤っている場合や破損している場合でも対応し、一般的な形式へ変換できます。CRAM コンバーターは登録やインストール不要で、ブラウザ上でそのまま利用できます。 アップロードされたファイルは、変換後に自動的に削除されます。
CRAM コンバーター
ゲノムまたはイメージファイル (CRAM) からテキストを抽出
CRAM ファイルからテキストを抽出する方法
- 上記の "ファイルを選択" ボタンをクリックし、CRAM ファイルを選択します。
- 利用可能な場合は、プレビューが表示されます。
- "ファイルを変換..." ボタンをクリックして、テキスト情報を抽出します。
CRAM ファイルについて
.CRAMファイル形式は、バイオインフォマティクスで頻繁に使用される、高度に圧縮されたリファレンスベースのゲノムアライメント形式だ。European Bioinformatics InstituteとGlobal Alliance for Genomics and Healthによって開発され、従来の形式よりもはるかに効率的にDNAシーケンスデータを保存する。SAMtoolsのようなコマンドラインスイートを使用して、これらのファイルを操作できる。また、これとは無関係の二次的なコンテキストとして、.CRAMファイルは組み込みLinux環境で使用される圧縮ROMファイルシステムイメージ（cramfs）として機能することもある。
.CRAMは優れた圧縮率（ストレージ容量を最大50%節約）を提供する一方で、使い勝手の面で大きなハードルがある。外部のリファレンスゲノムに完全に依存しているのだ。初期アライメント時に使用された正確なリファレンス配列（通常は.FASTAファイル）が欠落していたり、移動されていたり、インターネットから切断されていたりすると、.CRAMファイルをデコードしたり読み取ったりすることはできない。さらに、データをオンザフライで解凍するために必要な計算オーバーヘッドにより処理が遅くなり、古いバイオインフォマティクスパイプラインの多くはネイティブサポートを完全に欠いている。
レガシーパイプラインとの完全な互換性を確保したり、データ共有を簡素化したりするには、これらのファイルを変換する必要がある。外部リファレンスに依存しない、広くサポートされているスタンドアロンのバイナリアライメントマップにするには、.BAMに変換しよう。人間が直接読めるテキストとして検査するには、.SAMに変換する。生のシーケンスリードだけが必要な場合は、データを.FASTQに抽出する。ファイルをここにドラッグ＆ドロップするだけで、分析と変換ができる。複雑なコマンドラインソフトウェアをインストールする必要はなく、オンラインで無料で利用可能だ。
Convert.Guru はCRAMファイルを分析し、正確な形式を検出して、中のテキストを読めるようにします。
ほかのユーザーは CRAI, TBI, AVI, PDF, BAM, ZLIB, LAZ, VCF ファイルも変換しました。
よくある質問
CRAM ファイルを BAM, VCF, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI, CFG, CONF または DAT に変換したい場合は、SAMtools または「ゲノムアライメントデータストレージ」カテゴリの同様のソフトウェアを使用できます。[ファイル] メニューで 名前を付けて保存… または エクスポート… を探してください。
DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS または JSON ファイルを CRAM に変換するには、SAMtools または「ゲノムアライメントデータストレージ」カテゴリの他の同等のツールを試してください。