BAMコンバーターについて
Convert.Guru は、25年以上にわたり維持・更新されてきた、世界最大級かつ信頼性の高いファイル形式データベースの一つを基盤としています。 当社の形式判定機能は、BAM を高い精度で識別します。ファイル名が誤っている場合や破損している場合でも対応し、一般的な形式へ変換できます。BAM コンバーターは登録やインストール不要で、ブラウザ上でそのまま利用できます。 アップロードされたファイルは、変換後に自動的に削除されます。
BAM コンバーター
バイナリアライメントマップファイル (BAM) からテキストを抽出
BAM ファイルからテキストを抽出する方法
- 上記の "ファイルを選択" ボタンをクリックし、BAM ファイルを選択します。
- 利用可能な場合は、プレビューが表示されます。
- "ファイルを変換..." ボタンをクリックして、テキスト情報を抽出します。
BAM ファイルについて
.BAMファイル形式は、主にBinary Alignment Mapを意味する。これは.SAM（Sequence Alignment Map）ファイルの圧縮バイナリ版であり、バイオインフォマティクスにおいて、参照ゲノムに対するDNA配列アライメントを保存するために広く使用されている。これらのファイルはBGZF（Blocked GNU Zip Format）圧縮を使用しているため、次世代DNAシーケンシングによって生成される膨大なデータセットを処理できる。.BAMファイルの副次的な用途として、Panda3Dゲームエンジン用のコンパイル済みバイナリ3Dモデル形式がある。
ゲノムの.BAMファイルを開いたり操作したりするには、研究者は通常、SAMtoolsやPicardのような専用のコマンドラインユーティリティに依存する。その仕様の詳細については、WikipediaのSAMフォーマットのページで読むことができる。Panda3Dファイルの場合、開発者はPanda3D SDKツールを使用する。
.BAMファイルの主な欠点は、標準的なデスクトップソフトウェアでは全く中身が見えないことだ。テキストエディタや一般的なデータビューアで開くことはできない。ゲノムファイルは頻繁に50GBから100GBを超え、インデックス作成や読み取りだけでも膨大な計算リソースを必要とする。さらに、Panda3Dの.BAMファイルはエンジン向けに高度に最適化されており、コンパイルに使用された特定のソフトウェアバージョンに厳密に結びついている。
ゲノムの.BAMファイルを.SAMファイルに変換すると、データは人間が読めるようになるが、ファイルサイズは劇的に膨れ上がる。データを.CRAM形式に移行することは、.BAMよりもさらに優れた参照ベースの圧縮を提供するため、強く推奨される。Panda3Dモデルの場合、開発者は通常、.OBJや.GLTFに変換する前に、.BAMを元の.EGG形式に逆コンパイルする必要がある。
.BAMファイルは高度に専門化されたバイオインフォマティクスコンテナであるか、コンパイルされたエンジン固有のアセットであるため、標準的なオンラインコンバーターでは処理できない。元のソフトウェアパイプラインなしで解析するのは困難だ。しかし、convert.guruにファイルをドラッグ＆ドロップするだけで、フォーマットを識別し、表示し、可能な場合は変換できる。当社の分析で標準的なテキストヘッダーやサポートされている基盤フォーマットが検出された場合、表示や変換が可能な場合がある。
Convert.Guru はBAMファイルを分析し、正確な形式を検出して、中のテキストを読めるようにします。
ほかのユーザーは BAI, SAM, ZIP, RAR, CRAM, X3DB, ORC, FASTA, BED, VCF ファイルも変換しました。
よくある質問
BAM ファイルを CRAM, FASTA, BED, VCF, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI または CFG に変換したい場合は、SAMtools または「ゲノム配列データの保存」カテゴリの同様のソフトウェアを使用できます。[ファイル] メニューで 名前を付けて保存… または エクスポート… を探してください。
DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS または JSON ファイルを BAM に変換するには、SAMtools または「ゲノム配列データの保存」カテゴリの他の同等のツールを試してください。