Text aus DNA- und Proteinsequenzen (FASTA) auslesen
Um FASTA Sequenzen in ein anderes Format umzuwandeln, benötigen Sie NCBI BLAST oder eine andere Daten-Software.
Um andere Dateiformate in den Dateityp "Bioinformatik-Sequenzformat" umzuwandeln, benötigen Sie NCBI BLAST oder ein ähnliches Tool.
Das .FASTA-Dateiformat ist ein standardisiertes, textbasiertes Format, das in der Bioinformatik zum Speichern von Nukleotid- (DNA/RNA) oder Peptidsequenzen (Aminosäuren) verwendet wird. Es wurde 1985 von David J. Lipman und William R. Pearson entwickelt und stellt Sequenzen mithilfe von Ein-Buchstaben-Codes dar. Jeder Eintrag beginnt mit einer einzeiligen Beschreibung, die durch ein Größer-als-Zeichen (>) markiert ist, gefolgt von Zeilen mit Sequenzdaten. Es wird nativ von Sequenzanalysesoftware wie NCBI BLAST, BioEdit und Clustal Omega gelesen. Mehr über die technischen Spezifikationen kannst du auf Wikipedia lesen.
Obwohl es der De-facto-Standard in der Genomik ist, hat das .FASTA-Format deutliche Nachteile. Da es sich um reinen Klartext handelt, fehlt ihm völlig die Struktur, die erforderlich ist, um komplexe biologische Annotationen, genomische Merkmale oder umfangreiche Metadaten aufzunehmen. Da das Format außerdem einfach lange Zeichenfolgen über mehrere Zeilen unter einer einzigen Kopfzeile umbricht, ist es in Standard-Bürosoftware notorisch schwer zu parsen. Betriebssysteme erkennen die Dateierweiterung standardmäßig nicht, und das Öffnen in Tabellenkalkulationssoftware führt zu unordentlichen, unlesbaren Daten.
Um diese Einschränkungen zu überwinden, ist oft eine Konvertierung der Datei erforderlich. Für die tabellarische Datenanalyse in R, Python oder Tabellenkalkulationsanwendungen konvertiere deine .FASTA in CSV oder TSV. Wenn du neben der Rohsequenz umfangreiche biologische Annotationen benötigst, ziele auf die Formate GFF oder GB (GenBank) ab. Für einfaches, für Menschen lesbares Teilen ohne spezielle Software konvertiere in TXT. Ziehe deine Datei einfach per Drag & Drop hierher, um sie zu analysieren und zu konvertieren – kostenlos, online und ohne die Installation komplexer Bioinformatik-Pakete.
Convert.Guru analysiert Ihre FASTA-Datei, erkennt das genaue Format und ermöglicht es Ihnen, den enthaltenen Text auszulesen.
Nutzer konvertierten auch FA, FAS, FSTA, FASTQ, FNA, TXT, GZ, AB1, ZIP, FAA, STATISTICS, PDF und CSV-Dateien.
Wenn Sie eine FASTA-Datei in CSV, TXT, GENBANK, BAM, JSON, VCF, XML, YAML, YML, TOML, INI oder CFG umwandeln möchten, können Sie NCBI BLAST oder eine ähnliche Software aus der Kategorie „Speicherung biologischer Sequenzdaten“ verwenden. Suchen Sie im Menü „Datei“ nach Speichern unter… oder Exportieren….
Um DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS oder JSON-Dateien in FASTA umzuwandeln, versuchen Sie es mit NCBI BLAST oder einem vergleichbaren Tool aus der Kategorie „Speicherung biologischer Sequenzdaten“.
Convert.Guru basiert auf einer der größten und renommiertesten Dateiformat-Datenbanken, die seit über 25 Jahren gepflegt wird. Unsere Formaterkennung identifiziert FASTA zuverlässig – auch bei falsch benannten oder beschädigten Dateien – und wandelt sie in gängige Formate um. Direkt im Browser, ohne Registrierung oder Installation. Hochgeladene Dateien werden nach der Konvertierung automatisch gelöscht. Entwickelt wird der FASTA Konverter in Deutschland.