GFFコンバーターについて
Convert.Guru は、25年以上にわたり維持・更新されてきた、世界最大級かつ信頼性の高いファイル形式データベースの一つを基盤としています。 当社の形式判定機能は、GFF を高い精度で識別します。ファイル名が誤っている場合や破損している場合でも対応し、一般的な形式へ変換できます。GFF コンバーターは登録やインストール不要で、ブラウザ上でそのまま利用できます。 アップロードされたファイルは、変換後に自動的に削除されます。
GFF コンバーター
ゲノムフィーチャーファイル (GFF) からテキストを抽出
GFF ファイルからテキストを抽出する方法
- 上記の "ファイルを選択" ボタンをクリックし、GFF ファイルを選択します。
- 利用可能な場合は、プレビューが表示されます。
- "ファイルを変換..." ボタンをクリックして、テキスト情報を抽出します。
GFF ファイルについて
.GFF (General Feature Format) は、ゲノム内の遺伝子、転写産物、その他の配列フィーチャーを記述するためにバイオインフォマティクスで使用される標準的なプレーンテキストファイルだ。Sequence Ontology Projectによって定義された、厳格な9カラムのタブ区切り構造に依存している。Geneious、AUGUSTUS、Prodigalなどのバイオインフォマティクスツールは、遺伝子予測アノテーションを保存するためにこのフォーマットに依存している。
広く普及しているにもかかわらず、.GFFフォーマットには使い勝手の面で大きな欠点がある。大規模なデータセットは頻繁に100MBを超え、メモ帳のような基本的なテキストエディタはすぐにクラッシュしてしまう。重要な9番目のカラム（Attributes）には複数のキーと値のペアが1つの文字列に詰め込まれているため、表計算ソフトで.GFFを直接開くと、データがずれたり途切れたりすることがよくある。さらに、GFF2とGFF3の間のバージョン競合により、解析スクリプトが壊れたりパイプラインエラーが発生したりすることが頻繁にある。
PythonやRのスクリプトを書かずにデータを分析するには、変換する必要がある。Microsoft Excelで安全に表示して並べ替えるには、.CSVまたは.TSVに変換しよう。ゲノムブラウザで視覚化するには、.BEDまたは.GTFに変換する。APIやウェブで使用するには、.JSONに変換する。ファイルをドラッグ＆ドロップするだけで、複雑なバイオインフォマティクスソフトウェアをインストールすることなく、オンラインで無料で分析・変換できる。注意：.GFF拡張子は、Genieのファームウェアアップデート、Topconの地理空間ジオイドモデル、GraFitのグラフなどにも稀に使用される。
Convert.Guru はGFFファイルを分析し、正確な形式を検出して、中のテキストを読めるようにします。
ほかのユーザーは GFF3, FNA, FASTA, TXT, PNG, JFIF, FSTA, ANN, BED, GENBANK, GBK, CSV, EMBL ファイルも変換しました。
よくある質問
GFF ファイルを BED, GFF3, GENBANK, FASTA, GBK, CSV, EMBL, JSON, XML, YAML, YML または TOML に変換したい場合は、Geneious または「ゲノムフィーチャーのアノテーション」カテゴリの同様のソフトウェアを使用できます。[ファイル] メニューで 名前を付けて保存… または エクスポート… を探してください。
DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS または JSON ファイルを GFF に変換するには、Geneious または「ゲノムフィーチャーのアノテーション」カテゴリの他の同等のツールを試してください。