BEDコンバーターについて
Convert.Guru は、25年以上にわたり維持・更新されてきた、世界最大級かつ信頼性の高いファイル形式データベースの一つを基盤としています。 当社の形式判定機能は、BED を高い精度で識別します。ファイル名が誤っている場合や破損している場合でも対応し、一般的な形式へ変換できます。BED コンバーターは登録やインストール不要で、ブラウザ上でそのまま利用できます。 アップロードされたファイルは、変換後に自動的に削除されます。
BED コンバーター
ゲノムデータファイル (BED) からテキストを抽出
BED ファイルからテキストを抽出する方法
- 上記の "ファイルを選択" ボタンをクリックし、BED ファイルを選択します。
- 利用可能な場合は、プレビューが表示されます。
- "ファイルを変換..." ボタンをクリックして、テキスト情報を抽出します。
BED を別のファイルタイプに変換
BED ゲノムファイル を別の形式に変換する、Data ファイル形式専用のデスクトップソフトウェアが必要です。
ファイルを BED に変換
他のファイル形式を BED 形式に変換するには、Data ファイル形式専用のデスクトップソフトウェアが必要です。
BED ファイルについて
.bedファイル拡張子は、主にBrowser Extensible Dataを表す。これは、遺伝子、転写産物、カスタムアノテーションなどのゲノム領域を定義するためにバイオインフォマティクスで使用されるテキストベースのフォーマットだ。これらのファイルは通常、UCSC Genome BrowserやIntegrative Genomics Viewer (IGV)などの視覚化ツールに読み込まれる。.bed拡張子のもう一つの用途として、PLINK全ゲノム関連解析ツールセットで利用される、高度に圧縮されたバイナリ遺伝子型ファイルがある。
.bedファイルを扱う際、厄介な制限に直面することがよくある。標準的なUCSC BEDファイルは非常に厳格で、厳密なタブ区切りが必須であり（スペースが1つあるだけでほとんどのパーサーが機能しなくなる）、複雑な0ベースの半開区間（half-open）座標系を使用するため、研究者の間で「1のズレ（off-by-one）」エラーが日常的に発生する。さらに、プレーンテキストのBEDファイルには、複雑なフィーチャーファイルにあるような豊富なメタデータ機能が欠けている。逆に、PLINKのバイナリ.bedファイルは人間には全く読めず、対応する.bimおよび.famファイルが揃っていなければ全く使い物にならない。
ゲノム区間を非技術系の関係者と共有したり、専用のバイオインフォマティクス環境外で解析したりするには、スプレッドシートとの互換性を持たせるために、標準的なテキストBEDファイルを.CSVまたは.TSVに変換する必要がある。より深いアノテーションワークフローでは、.GFFや.GTFへの変換が一般的な手法だ。ブラウザ上で安全に解析・変換するには、ここにファイルをドロップしてほしい。
Convert.Guru はBEDファイルを分析し、正確な形式を検出して、中のテキストを読めるようにします。
ほかのユーザーは TXT, CSV, ZLIB, DOCX, ZIP, XLSX, TSV, JPG, PDF, VTX, VCF, TABLE ファイルも変換しました。
よくある質問
BED ファイルを VCF, TABLE, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI, CFG, CONF または DAT に変換したい場合は、Data ファイル形式専用のデスクトップソフトウェアを使用できます。[ファイル] メニューで 名前を付けて保存… または エクスポート… を探してください。
DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS または JSON ファイルを BED に変換するには、Data ファイル形式専用のデスクトップソフトウェアを試してください。