GENBANKコンバーターについて
Convert.Guru は、25年以上にわたり維持・更新されてきた、世界最大級かつ信頼性の高いファイル形式データベースの一つを基盤としています。 当社の形式判定機能は、GENBANK を高い精度で識別します。ファイル名が誤っている場合や破損している場合でも対応し、一般的な形式へ変換できます。GENBANK コンバーターは登録やインストール不要で、ブラウザ上でそのまま利用できます。 アップロードされたファイルは、変換後に自動的に削除されます。
GENBANK コンバーター
DNA配列ファイル (GENBANK) からテキストを抽出
GENBANK ファイルからテキストを抽出する方法
- 上記の "ファイルを選択" ボタンをクリックし、GENBANK ファイルを選択します。
- 利用可能な場合は、プレビューが表示されます。
- "ファイルを変換..." ボタンをクリックして、テキスト情報を抽出します。
GENBANK ファイルについて
.genbankファイル形式は、DNA、RNA、またはタンパク質の配列データを豊富な生物学的アノテーションとともに保存する。National Center for Biotechnology Information (NCBI)によって開発されたこのプレーンテキスト形式は、GenBankデータベースへの登録やダウンロードの標準となっている。
.genbank形式の主な欠点は、非常に厳格でネストされたプレーンテキストのレイアウトだ。フィーチャーテーブル、翻訳、出版物の参照など、詳細なメタデータが含まれている。そのため、ファイルは非常に密度が高く、SnapGeneやBenchlingのような専用のバイオインフォマティクスソフトウェアなしでは読むのが難しい。一般的なテキストエディタでも技術的には開くことができるが、複数行にわたるフィーチャーテーブルを人間が手動で解析するのは非常に非現実的だ。さらに、現代の多くの配列アライメントツールは、よりシンプルな.FASTA形式のみを厳格に受け入れるため、研究者は変換のボトルネックに悩まされることになる。
ユーザーは通常、基本的な配列アライメントのために.genbankファイルを.FASTAに変換する。.FASTAに変換すると、すべての生物学的アノテーションとメタデータが永久に失われることに注意してほしい。代替の変換先としては、フィーチャートラッキング用の.GFFや.GTF、標準的なスプレッドシートでメタデータを分析するための.CSVなどがある。
このファイル形式は、標準的なオンラインツールを使用して開いたり変換したりするのが難しい。標準的なドキュメントコンバーターは、複雑な生物学的アノテーションから塩基配列を分離するために必要な専用の解析ライブラリを欠いているため失敗し、出力が破損することが多い。幸いなことに、convert.guruは実用的な回避策を提供している。ファイルをドラッグ＆ドロップするだけで形式を識別し、生のテキストコンテンツを安全に表示し、サポートされているバイオインフォマティクス構造が検出された場合に変換することができる。
Convert.Guru はGENBANKファイルを分析し、正確な形式を検出して、中のテキストを読めるようにします。
ほかのユーザーは GB, GBK, SOR, FASTA, GFF, GFF3, BED ファイルも変換しました。
よくある質問
GENBANK ファイルを FASTA, GFF, GFF3, BED, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI または CFG に変換したい場合は、NCBI BLAST または「遺伝子配列の保存」カテゴリの同様のソフトウェアを使用できます。[ファイル] メニューで 名前を付けて保存… または エクスポート… を探してください。
DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS または JSON ファイルを GENBANK に変換するには、NCBI BLAST または「遺伝子配列の保存」カテゴリの他の同等のツールを試してください。