HICコンバーターについて
Convert.Guru は、25年以上にわたり維持・更新されてきた、世界最大級かつ信頼性の高いファイル形式データベースの一つを基盤としています。 当社の形式判定機能は、HIC を高い精度で識別します。ファイル名が誤っている場合や破損している場合でも対応し、一般的な形式へ変換できます。HIC コンバーターは登録やインストール不要で、ブラウザ上でそのまま利用できます。 アップロードされたファイルは、変換後に自動的に削除されます。
HIC コンバーター
ゲノム接触行列 (HIC) からテキストを抽出
HIC ファイルからテキストを抽出する方法
- 上記の "ファイルを選択" ボタンをクリックし、HIC ファイルを選択します。
- 利用可能な場合は、プレビューが表示されます。
- "ファイルを変換..." ボタンをクリックして、テキスト情報を抽出します。
HIC ファイルについて
.HICファイルは、Hi-Cシーケンシングによって生成された染色体コンタクトマップを保存するために使用される、高度に圧縮された生物学的データフォーマットだ。これらのファイルは、3Dゲノム構造を視覚化するための主要なストレージメカニズムとして機能する。これらのファイルを開いて操作するために使用される主なソフトウェアは、Aiden Labによって開発されたJuiceboxと、それに関連するコマンドラインユーティリティであるJuicer Toolsだ。
ユーザーは.HICファイルを扱う際、しばしば大きな課題に直面する。これらのファイルは、複数の解像度にわたる何百万ものペアワイズゲノム相互作用を保存するため、日常的に数ギガバイトのサイズを超える。これは、標準的なソフトウェアでは完全に読み取ることができない、独自のクローズドバイナリフォーマットだ。標準的なテキストエディタやスプレッドシートアプリケーションで.HICファイルを開こうとすると、システムが即座にクラッシュする。さらに、Webブラウザや一般的なデータ視覚化ツールでこれらのファイルをネイティブに表示することはできない。
PythonやRでカスタムのバイオインフォマティクス分析を実行するには、通常、埋め込まれたデータを.TXT、.CSV、または.BEDPEのようなフラットフォーマットに変換または抽出する必要がある。注意点として、高度に圧縮された.HICファイルを生のテキストマトリックスに抽出すると、ファイルサイズが膨大になり、フォーマットの高速ズームインデックス構造が完全に失われる。
その極端な専門性のため、標準的なオンラインファイルコンバーターは.HICファイルの処理に失敗する。多くの場合、元のバイオインフォマティクスソフトウェアのみが、マルチ解像度の2Dゲノムデータを適切に読み取ったりエクスポートしたりできる。しかし、convert.guruは依然としてファイルフォーマットを識別し、ファイルを検査し、テキストや内部コンテンツを表示することができる。私たちの分析では、多くの.HICファイルに埋め込まれている基盤となる.ZIPベースの圧縮構造を検出するため、生のメタデータの表示や部分的な抽出が可能な場合がある。ファイルをドラッグ＆ドロップするだけで、それが何であるかを確認し、サポートされていれば変換できる。
Convert.Guru はHICファイルを分析し、正確な形式を検出して、中のテキストを読めるようにします。
ほかのユーザーは HEIC, GPX, PHO, QZTP ファイルも変換しました。
よくある質問
HIC ファイルを に変換したい場合は、Juicebox または「ゲノムコンタクトデータストレージ」カテゴリの同様のソフトウェアを使用できます。[ファイル] メニューで 名前を付けて保存… または エクスポート… を探してください。
ファイルを HIC に変換するには、Juicebox または「ゲノムコンタクトデータストレージ」カテゴリの他の同等のツールを試してください。