COUNTSコンバーターについて
Convert.Guru は、25年以上にわたり維持・更新されてきた、世界最大級かつ信頼性の高いファイル形式データベースの一つを基盤としています。 当社の形式判定機能は、COUNTS を高い精度で識別します。ファイル名が誤っている場合や破損している場合でも対応し、一般的な形式へ変換できます。COUNTS コンバーターは登録やインストール不要で、ブラウザ上でそのまま利用できます。 アップロードされたファイルは、変換後に自動的に削除されます。
COUNTS コンバーター
遺伝子発現ファイル (COUNTS) からテキストを抽出
COUNTS ファイルからテキストを抽出する方法
- 上記の "ファイルを選択" ボタンをクリックし、COUNTS ファイルを選択します。
- 利用可能な場合は、プレビューが表示されます。
- "ファイルを変換..." ボタンをクリックして、テキスト情報を抽出します。
COUNTS ファイルについて
.countsファイルは、生の遺伝子発現リードカウントを保存するために利用されるプレーンテキストのバイオインフォマティクスデータ形式だ。主にRNA-Seq解析パイプラインにおいて、HTSeq（特にhtseq-countスクリプト）によって生成される。このファイルは、Ensembl遺伝子IDなどの生物学的特徴と、マッピングされたシーケンスリードの総数を表す整数値を関連付ける。
.counts形式の主な欠点は、拡張子が認識されないことだ。標準的なオペレーティングシステムにはネイティブなファイルの関連付けがないため、ユーザーは手動でテキストエディタを割り当てるか、コマンドラインインターフェースに頼らざるを得ない。さらに、これらのファイルには標準的な列ヘッダーがないことが多く、通常、EOF（ファイル末尾）に__ambiguousや__not_alignedなどの独自の診断行が含まれている。これらは、標準的なスプレッドシートのインポートや単純な統計スクリプトを即座に破壊してしまう。
このデータをバイオインフォマティクス以外の専門家と共有したり、Microsoft Excelで探索したりするには、.countsを標準の.CSVまたは.XLSXに変換する必要がある。RやPythonでのダウンストリーム解析には、構造をクリーンな.TSV形式に標準化するのが最適だ。ここにファイルをドラッグ＆ドロップするだけで、ブラウザ上で安全に解析・変換できる。
Convert.Guru はCOUNTSファイルを分析し、正確な形式を検出して、中のテキストを読めるようにします。
ほかのユーザーは TFT, BEF, GPX, TPM, CPM ファイルも変換しました。
よくある質問
COUNTS ファイルを TPM, CPM, CSV, JSON, XML, YAML, YML, TOML, INI, CFG, CONF または DAT に変換したい場合は、HTSeq または「遺伝子発現リードカウント」カテゴリの同様のソフトウェアを使用できます。[ファイル] メニューで 名前を付けて保存… または エクスポート… を探してください。
DBF, XML, SQLITE, XLSX, SQL, TSV, ACCDB, YAML, MDB, CSV, ODS または JSON ファイルを COUNTS に変換するには、HTSeq または「遺伝子発現リードカウント」カテゴリの他の同等のツールを試してください。